Phân tích các trường hợp hàng tạm nhập tái xuất không đủ điều kiện hoàn thuế hàng tạm nhập tái xuất để giúp doanh nghiệp tránh rủi ro truy thu.
Cơ sở pháp lý về hoàn thuế hàng tạm nhập tái xuất
Quy định tại Luật Thuế xuất nhập khẩu và nghị định hướng dẫn hiện hành
Căn cứ theo Luật Thuế xuất nhập khẩu số 107/2016/QH13 và Nghị định 134/2016/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định 18/2021/NĐ-CP), hàng hóa tạm nhập để tái xuất nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện sẽ được hoàn lại thuế nhập khẩu đã nộp. Tuy nhiên, quy định này chỉ áp dụng khi doanh nghiệp chứng minh được hàng hóa đã được tái xuất ra khỏi lãnh thổ Việt Nam trong thời hạn cho phép, có đầy đủ chứng từ hợp lệ và phù hợp với loại hình tạm nhập tái xuất đã đăng ký. Cơ sở pháp lý này là nền tảng để cơ quan hải quan xác định hồ sơ đủ điều kiện hoàn thuế hay không.
Nguyên tắc chỉ hoàn thuế khi hàng tái xuất đúng thời hạn và đủ hồ sơ hợp lệ
Nguyên tắc cốt lõi trong hoàn thuế hàng tạm nhập tái xuất là đảm bảo tính minh bạch, đúng thời hạn và đúng mục đích sử dụng. Hàng hóa chỉ được hoàn thuế nếu doanh nghiệp chứng minh được việc tái xuất đúng với loại hình đã khai báo, không phát sinh tiêu thụ nội địa, đồng thời đáp ứng đủ bộ hồ sơ gồm: tờ khai tạm nhập, tờ khai tái xuất, hợp đồng thương mại, chứng từ vận chuyển, hóa đơn và chứng từ thanh toán quốc tế hợp lệ. Mọi sai lệch, thiếu sót trong hồ sơ đều có thể khiến doanh nghiệp bị từ chối hoàn thuế hoặc bị truy thu sau thông quan.
Các trường hợp hàng tạm nhập tái xuất không được hoàn thuế
Hàng hóa tiêu thụ nội địa hoặc thay đổi mục đích sử dụng mà không khai báo lại
Một trong những lỗi nghiêm trọng khiến doanh nghiệp không được hoàn thuế hàng tạm nhập tái xuất là khi hàng hóa sau khi nhập về không tái xuất mà được tiêu thụ trong nước, hoặc chuyển đổi mục đích sử dụng mà không khai báo lại với cơ quan hải quan. Theo quy định, trong trường hợp này, hàng hóa được xem là nhập khẩu để tiêu thụ nội địa, doanh nghiệp phải nộp lại thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng (VAT) tương ứng, kèm theo tiền phạt chậm nộp. Việc cố tình không khai báo hoặc khai sai loại hình có thể dẫn đến rủi ro bị xử lý vi phạm hành chính hoặc truy thu thuế.
Hàng tái xuất trễ thời hạn quy định hoặc không có xác nhận thông quan tái xuất
Thời hạn tái xuất hàng tạm nhập thường được giới hạn trong vòng 365 ngày kể từ ngày làm thủ tục tạm nhập, trừ các trường hợp đặc biệt được cơ quan hải quan gia hạn. Nếu hàng hóa tái xuất trễ thời hạn, doanh nghiệp sẽ không còn đủ điều kiện để được hoàn thuế. Tương tự, trường hợp hàng đã rời khỏi lãnh thổ Việt Nam nhưng không có chứng từ thông quan tái xuất hợp lệ (như tờ khai tái xuất đã hoàn thành) thì hồ sơ cũng bị coi là không đủ điều kiện hoàn. Việc không có xác nhận hải quan là lỗi nghiêm trọng, thường khiến hồ sơ bị bác ngay từ bước đầu kiểm tra.
Hồ sơ hải quan không đầy đủ, sai sót trong hợp đồng hoặc chứng từ thanh toán
Hoàn thuế chỉ được chấp nhận khi doanh nghiệp nộp đầy đủ hồ sơ hợp lệ, bao gồm tờ khai hải quan, hợp đồng thương mại, hóa đơn, vận đơn, chứng từ thanh toán quốc tế và biên bản bàn giao hàng hóa. Nếu thiếu một trong các chứng từ này hoặc các thông tin không thống nhất (ví dụ: khác trị giá, khác tên hàng hoặc mã HS), cơ quan hải quan sẽ không đủ căn cứ xác minh tính hợp pháp của giao dịch, từ đó từ chối hoàn thuế. Nhiều doanh nghiệp cũng bị mất quyền hoàn thuế do không chứng minh được nguồn tiền thanh toán qua ngân hàng, đặc biệt trong các giao dịch có yếu tố ủy thác.
Khai sai loại hình tạm nhập tái xuất hoặc sai mã HS dẫn đến sai nghĩa vụ thuế
Khai sai loại hình là lỗi phổ biến trong quá trình làm thủ tục tạm nhập tái xuất, nhất là khi doanh nghiệp chưa phân biệt rõ giữa các loại hình E31, E62, G13… Mỗi loại hình quy định khác nhau về nghĩa vụ thuế và hồ sơ cần thiết. Nếu doanh nghiệp khai sai, hệ thống hải quan sẽ xác định sai nghĩa vụ thuế, khiến hồ sơ không được hoàn hoặc bị xử lý sau thông quan. Ngoài ra, việc sai mã HS (Harmonized System) cũng làm thay đổi mức thuế suất, khiến hồ sơ bị đánh giá là không hợp lệ. Doanh nghiệp nên phối hợp chặt với đơn vị ủy thác hoặc forwarder có kinh nghiệm để rà soát thông tin trước khi mở tờ khai.
Hậu quả doanh nghiệp phải chịu khi vi phạm quy định hoàn thuế
Bị truy thu thuế nhập khẩu, thuế GTGT và phạt hành chính
Khi cơ quan hải quan xác định doanh nghiệp không đủ điều kiện hoàn thuế hàng tạm nhập tái xuất, toàn bộ số thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng đã được hoàn sẽ bị truy thu. Ngoài ra, doanh nghiệp còn phải chịu tiền phạt chậm nộp (tính theo tỷ lệ phần trăm mỗi ngày) và có thể bị xử phạt hành chính theo Nghị định 128/2020/NĐ-CP. Trong nhiều trường hợp, khoản truy thu này có thể lên đến hàng tỷ đồng, ảnh hưởng nghiêm trọng đến dòng tiền và kết quả kinh doanh của doanh nghiệp.
Bị tạm ngừng thông quan cho các lô hàng kế tiếp
Cơ quan hải quan có quyền tạm dừng thông quan hoặc yêu cầu kiểm tra chuyên ngành đối với các lô hàng kế tiếp nếu doanh nghiệp vi phạm quy định hoàn thuế hoặc bị nghi ngờ kê khai sai loại hình. Việc này gây đình trệ hoạt động sản xuất – kinh doanh, đặc biệt với các doanh nghiệp xuất nhập khẩu có tần suất giao hàng cao. Ngoài thiệt hại tài chính, doanh nghiệp còn có nguy cơ bị mất uy tín với đối tác do chậm tiến độ giao hàng quốc tế.
Ảnh hưởng uy tín và bị đưa vào diện kiểm tra sau thông quan
Doanh nghiệp từng vi phạm quy định về hoàn thuế hàng tạm nhập tái xuất thường bị cơ quan hải quan đưa vào danh sách theo dõi rủi ro cao, đồng nghĩa với việc phải chịu kiểm tra sau thông quan (PCA) thường xuyên. Điều này không chỉ làm tăng khối lượng công việc hành chính mà còn khiến uy tín doanh nghiệp giảm trong mắt các đối tác logistics, ngân hàng và hải quan. Một khi mất độ tin cậy, việc xin gia hạn hoặc xử lý hồ sơ hoàn thuế sau này sẽ khó khăn hơn nhiều.
Cách kiểm tra và đảm bảo điều kiện hoàn thuế hợp lệ
Rà soát hồ sơ khai báo, hợp đồng và chứng từ vận chuyển trước khi nộp
Trước khi nộp hồ sơ hoàn thuế, doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ toàn bộ bộ chứng từ, bao gồm tờ khai tạm nhập – tái xuất, hợp đồng mua bán, hóa đơn, vận đơn và chứng từ thanh toán quốc tế. Việc rà soát này giúp phát hiện sớm sai lệch giữa thông tin khai báo và thực tế giao dịch, tránh bị từ chối hoàn thuế. Đối với các doanh nghiệp hoạt động thông qua đơn vị ủy thác, bước kiểm tra chéo giữa hai bên là bắt buộc để đảm bảo tính nhất quán của dữ liệu.
Đối chiếu thời hạn tái xuất trên tờ khai với thực tế thông quan hàng hóa
Thời hạn tái xuất là một trong những điều kiện tiên quyết để được hoàn thuế. Doanh nghiệp nên đối chiếu định kỳ thời hạn ghi trên tờ khai tạm nhập với lịch thực tế xuất hàng nhằm kịp thời xử lý nếu có nguy cơ trễ hạn. Trong trường hợp cần gia hạn, doanh nghiệp phải gửi văn bản đề nghị đến cơ quan hải quan trước khi hết hạn để đảm bảo tính hợp pháp. Việc theo dõi sát thời gian tái xuất giúp tránh bị mất quyền hoàn thuế do vi phạm mốc thời gian quy định.
Lưu trữ hồ sơ và biên bản giao nhận ít nhất 5 năm để phục vụ kiểm tra
Theo quy định của Bộ Tài chính, doanh nghiệp phải lưu trữ toàn bộ hồ sơ hải quan, hợp đồng và chứng từ thanh toán tối thiểu 5 năm kể từ ngày tái xuất. Việc này giúp doanh nghiệp chủ động khi bị kiểm tra sau thông quan hoặc khi có yêu cầu đối chiếu từ cơ quan chức năng. Ngoài bản giấy, doanh nghiệp nên lưu trữ song song bản mềm được mã hóa theo từng lô hàng để dễ dàng tra cứu, giảm nguy cơ thất lạc và rút ngắn thời gian xử lý hồ sơ khi có phát sinh.
Giải pháp giúp doanh nghiệp tránh rủi ro truy thu thuế
Làm việc với đơn vị ủy thác hoặc logistics am hiểu thủ tục TNTX
Hợp tác với đơn vị ủy thác hoặc công ty logistics chuyên về tạm nhập tái xuất (TNTX) là giải pháp an toàn và hiệu quả. Các đơn vị này có kinh nghiệm trong việc xử lý hồ sơ, khai báo mã HS, chuẩn bị chứng từ hợp lệ và theo dõi tiến độ hoàn thuế. Họ cũng có thể hỗ trợ doanh nghiệp khi có yêu cầu kiểm tra hoặc đối chiếu từ hải quan, giúp giảm thiểu rủi ro vi phạm thủ tục hoặc mất quyền hoàn thuế.
Kiểm tra định kỳ tính thống nhất giữa dữ liệu nội bộ và hồ sơ hải quan
Doanh nghiệp nên thiết lập quy trình kiểm tra nội bộ định kỳ để đảm bảo sự trùng khớp giữa dữ liệu kế toán, logistics và hồ sơ hải quan. Điều này đặc biệt quan trọng khi có nhiều lô hàng hoặc khi làm việc với nhiều đơn vị vận chuyển khác nhau. Việc kiểm soát dữ liệu giúp phát hiện kịp thời sai lệch, tránh bị truy thu thuế do sai thông tin hoặc kê khai nhầm loại hình.
Chủ động cập nhật các văn bản pháp luật mới về hoàn thuế tạm nhập tái xuất
Hệ thống pháp luật về xuất nhập khẩu thường xuyên thay đổi, đặc biệt là các nghị định, thông tư hướng dẫn về hoàn thuế TNTX. Doanh nghiệp cần theo dõi sát sao để kịp thời điều chỉnh quy trình nội bộ và đảm bảo tuân thủ quy định mới. Ngoài ra, có thể tham gia các khóa đào tạo ngắn hạn hoặc hội thảo chuyên ngành do hải quan tổ chức nhằm cập nhật kịp thời các điểm sửa đổi, bổ sung. Việc chủ động cập nhật không chỉ giúp tránh sai phạm mà còn thể hiện tính chuyên nghiệp trong quản trị logistics và tài chính thuế.
Thông tin liên hệ Bason Logistics:
- Địa chỉ: Tầng M, 104 Bát Nàn, Phường Bình Trưng, TP. Hồ Chí Minh.
- Email: sales@bason.vn.
- Hotline: 0869 456 077.
